L’intensité des lésions induites par l'hypoglycémie varie en fonction de la profondeur et de la durée de celle-ci. Une hypoglycémie de courte durée sera suivie d'une récupération clinique rapide et complète, mais sa prolongation entraînera des lésions neuronales irréversibles, touchant d'abord les zones de vulnérabilité avant d'affecter l'ensemble des structures cérébrales.
En effet, la vulnérabilité du cerveau aux lésions hypoglycémiques est plus hétérogène que dans les encéphalopathies post-anoxiques ; le cortex, le noyau caudé, le putamen et l'hippocampe sont considérés comme les plus sensibles. À l'inverse, les thalami, le cervelet et l'hypothalamus sont généralement épargnés (Jung, 2005).
Cette vulnérabilité sélective à l'hypoglycémie est attribuée à des différences régionales de teneur en glucose dans le cerveau, de flux de glucose, de distribution des acides aminés, ou d'inhibition sélective de la synthèse des protéines cérébrales (Butterworth, 1982; Kiessling, 1984; LaManna, 1985; Paschen, 1986). Même au sein du cortex cérébral, les centres moteurs, sensoriels et visuels, qui sont phylogénétiquement plus anciens, montrent une plus grande résistance par rapport aux zones associatives (Young, 1971), ce qui est corroboré par une demande énergétique moindre observée chez les animaux comparée à celle des humains (Armstrong, 1990).
L'hypoglycémie prolongée entraine une incapacité des cellules cérébrales à maintenir les pompes membranaires sodium/potassium (Na+/K+) dépendantes de l'ATP, responsables de la concentration élevée de sodium à l'extérieur de la cellule et faible à l'intérieur. Lorsque l'énergie fait défaut (toute situation d’ischémie), ces pompes cessent de fonctionner et le sodium s'accumule dans la cellule, entraînant avec lui du chlorure (Cl-) et de l'eau suivant un gradient osmotique. Cela provoque un gonflement cellulaire et une réduction du volume extracellulaire cad un œdème cytotoxique. Ces phénomènes sont les principales raisons de l'augmentation de la diffusion restreinte observée à l'IRM.